Διαδραματιζόμενη εξήντα χρόνια μετά το Revolutions, η ταινία ακολουθεί τον Νίο, ο οποίος ζει μια φαινομενικά συνηθισμένη ζωή ως προγραμματιστής βιντεοπαιχνιδιών, δυσκολευόμενος να διακρίνει τη φαντασία από την πραγματικότητα. Μια ομάδα επαναστατών, με τη βοήθεια μιας προγραμματισμένης εκδοχής του Μορφέα, απελευθερώνει τον Νίο από μια νέα έκδοση του Matrix και πολεμά έναν νέο εχθρό που κρατά αιχμάλωτη την Τρίνιτι.