Ο Τζιμ Γκόρντον κι ο Μπρους Γουέιν αντιμετωπίζουν το χάος στο Γκόθαμ ενώ η αποστολή τους να κρατήσουν την πόλη ασφαλή γίνεται όλο και πιο πολύπλοκη. Η Σελίνα Κάιλ προβληματίζεται με το αβέβαιο μέλλον της.
Ο Γκόρντον κι ο Μπούλοκ ερευνούν μια τοποθεσία από την οποία έχουν απαχθεί πολλά παιδιά. Η Μπάρμπαρα αποδεικνύεται σύμμαχος για τον Γκόρντον ενώ ο Νίγκμα έρχεται αντιμέτωπος με τους δικούς του δαίμονες.
Μετά τη δημιουργία του Χέιβεν ως καταφύγιο για τους πρόσφυγες, ο Γκόρντον ελπίζει να βάλει τέλος στους πολέμους συμμοριών στο Γκόθαμ. Στο μεταξύ, η Σελίνα είναι αποφασισμένη να βρει τον Τζερεμάια και πείθει τον Μπρους να τη βοηθήσει.
Οι περιπέτειες στο Γκόθαμ συνεχίζονται και στον 5ο κύκλο επεισοδίων, καθώς οι ντετέκτιβ Τζιμ Γκόρντον και Χάρβεϊ Μπούλοκ βρίσκονται και πάλι στην πρώτη γραμμή της μάχης εναντίον των πιο διεφθαρμένων προσωπικοτήτων.
Μία στρατιωτική ομάδα κρούσης καλείται να επαναφέρει την τάξη στο Γκόθαμ. Στο μεταξύ, ο Νίγκμα ζητά απαντήσεις από τον Πιγκουίνο, ο οποίος τον οδηγεί και πάλι στον Χιούγκο Στρέιντζ. Ο Μπρους ανησυχεί σχετικά με τη συμπεριφορά της Σελίνα.
Ο Γκόρντον συγκροτεί μια απροσδόκητη ομάδα για να προστατέψει το Γκόθαμ. Την ώρα που η Λι Τόμκινς επανεμφανίζεται, η Μπάρμπαρα αποκαλύπτει νέα που θα αλλάξουν τη ζωή του Γκόρντον. Η Σελίνα κι ο Πιγκουίνος ενώνουν τις δυνάμεις τους.
Καθώς ερευνά δύο φόνους στο Σάιρενς με τον Γκόρντον, ο Μπούλοκ έρχεται αντιμέτωπος με το παρελθόν του. Ο Μπρους κι ο Αλφρεντ εξερευνούν τα τούνελ κάτω από την πόλη, ενώ τα σχέδια απόδρασης του Πιγκουίνου και του Νίγκμα ανατρέπονται.
Στην προσπάθειά του να σταματήσει τα πυρά, ο Γκόρντον τραυματίζεται και, μέσα στις παραισθήσεις του, περνά από μια δίκη με τρομακτικές συνέπειες. Η ζωή της Λι αλλάζει καθώς η Μπάρμπαρα κι ο Πιγκουίνος σκέφτονται τις επόμενες κινήσεις τους.
Λίγο πριν την επανένωση του Γκόθαμ, ο Γκόρντον κι ο Μπρους έρχονται αντιμέτωποι με τον μεταμορφωμένο Εντουάρντο κι ανακαλύπτουν τον εγκέφαλο πίσω από το χάος που επικρατεί στην πόλη. Στο μεταξύ, η έγκυος Μπάρμπαρα ζητά τη βοήθεια της Λι.
Ενώ ο Μπέιν θέτει σε εφαρμογή το σχέδιο για την καταστροφή του Γκόθαμ, ο Γκόρντον επιστρατεύει παλιούς εχθρούς για να σώσει την πόλη. Την ίδια στιγμή, η Νίσα αλ Γκουλ απάγει τη νεογέννητη κόρη της Μπάρμπαρα φιλοδοξώντας να τη μεγαλώσει.
Φινάλε σειράς. Γκόθαμ, 10 χρόνια μετά. Μια σειρά εγκλημάτων πείθει τον Γκόρντον ότι ο Πιγκουίνος κι ο Ρίντλερ επαναλαμβάνουν τα παλιά τους κόλπα. Οταν όμως ο Μπούλοκ παγιδεύεται για φόνο, ο Γκόρντον συνειδητοποιεί ότι υπάρχει νέο σχέδιο.
