μαντική ταινία φαντασίας «Ladyhawke», που της χάρισε καλές κριτικές, αλλά δεν είχε επιτυχία στα ταμεία.
Στάθηκε πολύ τυχερότερη το 1987, οπότε και έπαιξε στις «Μάγισσες του Ίστγουικ», μια επιτυχημένη ταινία που πήρε καλές κριτικές. Κατά τα έτη 1988 και 1989, η Φάιφερ κέρδισε παγκόσμια αναγνώριση παίζοντας στις ταινίες «Η Γυναίκα του Γκάγκστερ», «Επικίνδυνες Σχέσεις» και «Σχέσεις Πάθους», οι οποίες και τις χάρισαν νίκες και υποψηφιότητες στα Όσκαρ, BAFTA και τις Χρυσές Σφαίρες.
Η δεκαετία του 1990 σήμαινε για την Φάιφερ τη συνέχεια μιας πολύ επιτυχημένης καριέρας. Το 1991 ξαναβρέθηκε στο πλευρό του Πατσίνο για την ταινία «Φράνκι και Τζόνι».
Την επόμενη χρονιά πραγματοποίησε μια από τις πιο αισθησιακές ενσαρκώσεις της Catwoman στη μεγάλη οθόνη για την ταινία «Ο Μπάτμαν Επιστρέφει».
Το 1993 ο Μάρτιν Σκορσέζε της χάρισε ένα ρόλο στην ταινία του «Τα Χρόνια της Αθωότητας», στην οποία συμπρωταγωνιστούσαν ο Ντανιέλ Ντέι Λιούις και η Γουϊνόνα Ράιντερ, και η οποία πραγματευόταν την υποκρισία και των καθωσπρεπισμό της υψηλής κοινωνίας της Νέας Υόρκης της δεκαετίας του 1870. Αξίζει να σημειωθεί πως της είχε προταθεί ο ρόλος της Κλαρίς στη «Σιωπή των Αμνών», τον οποίο και απέρριψε.

Για την ερμηνεία της στην ταινία «Ο Τόπος του Έρωτα» κέρδισε μια υποψηφιότητα για χρυσό αγαλματίδιο, ενώ την επόμενη χρονιά υποδύθηκε το θύμα του λυκανθρώπου Τζακ Νίκολσον στην ταινία «Γουλφ». Το 1995 γνώρισε μεγάλη επιτυχία με μια από τις χαρακτηριστικότερες ερμηνείες της καριέρας της, αυτήν της δυναμικής δασκάλας προβληματικών μαθητών στην κοινωνική ταινία «Ασυμβίβαστη Γενιά». Εμφανίστηκε μάλιστα και στο βιντεοκλίπ του χαρακτηριστικού τραγουδιού που ντύνει την ταινία, του «Gangsta’s Paradise», από τον Coolio. Ακολουθούν δύο ρομαντικές ταινίες, «Υπόθεση Πολύ Προσωπική» (1996) και «Μια Θαυμάσια Μέρα» (1996), με παρτενέρ τους Ρόμπερτ Ρέντφορντ και Τζορτζ Κλούνεϊ αντίστοιχα. Έπεται ο ρόλος της στην ταινία «Τα Χίλια Εκτάρια» (1997), ενώ την επόμενη χρονιά δανείζει τη φωνή της στην καινοτόμο ταινία της Disney «Ο Πρίγκιπας της Αιγύπτου» (1998). Το 1999 είναι μια πολυάσχολη χρονιά για την ηθοποιό αφού παίζει σε τρεις ταινίες: «Η Ιστορία της Ζωής Μας», όπου αναζητεί με τον Μπρους Γουίλις τα αίτια της διάλυσης του γάμου τους, στη συγκινητική «Βαθειά Άκρη του Ωκεανού» όπου υποδύεται μια μητέρα που χάνει το γιο της και στη μεταφορά στη μεγάλη οθόνη του σαιξπηρικού «Ονείρου Θερινής Νυκτός».

Το 2000 η Μισέλ Φάιφερ συμπρωταγωνίστησε με το Χάρισον Φορντ σε ένα από τα πιο επιτυχημένα εμπορικά φιλμ της χρονιάς, το μεταφυσικό θρίλερ του Ρόμπερτ Ζεμέκις με τίτλο «Ένοχο Μυστικό». Την επόμενη χρονιά υποδύθηκε τη δικηγόρο στην ταινία «Το όνομά μου είναι Σαμ», με τον Σων Πεν.
Το 2002 παίζει στο πλευρό της Ρενέ Ζελβέγκερ και της Ρόμπιν Ράιτ Πεν στην ταινία «Η Αγάπη Είναι Γένους Θηλυκού», που της εξασφάλισε υποψηφιότητα για το βραβείο του Σωματείου Αμερικανών Ηθοποιών, στην κατηγορία β’ γυναικείου ρόλου.

Αφού χάρισε και τη φωνή της στην ταινία κινουμένων σχεδίων «Σεβάχ:Ο Θρύλος των Επτά Θαλασσών» (2003), η ηθοποιός έκανε ένα μεγάλο διάλειμμα στην καριέρα της. Επιστρέφοντας, έπαιξε στη ρομαντική κωμωδία «Ο Καινούριος της Μαμάς Μου» (2007) και στην ταινία φαντασίας «Αστερόσκονη» (2007). Την ίδια χρονιά κράτησε κι έναν ρόλο στη μεταφορά στη μεγάλη οθόνη του επιτυχημένου μιούζικαλ του Μπρόντγουεϊ με τίτλο «Hairspray». Εν τω μεταξύ κέρδισε και το προσωπικό της αστέρι στη Λεωφόρο της Δόξας στο Χόλιγουντ στις 6 Αυγούστου 2007.
Πρόσφατα ολοκλήρωσε τα γυρίσματα του ρομαντικού δράματος, «Personal Effects» με τον Άστον Κούτσερ.

Το 1981 η Φάιφερ παντρεύτηκε τον ηθοποιό Πήτερ Χόρτον αλλά χώρισαν το 1988 όταν ήρθε η μεγάλη της επιτυχία.
Κατά καιρούς διατήρησε δεσμούς με τους ηθοποιούς Βαλ Κίλμερ, Τζον Μάλκοβιτς, Μάικλ Κίτον και Φίσερ Στίβενς.
Το 1993, η Φάιφερ παντρεύτηκε τον σεναριογράφο και παραγωγό, Ντέιβιντ Ε. Κέλεϋ (δημιουργό των τηλεοπτικών σειρών «The Practice» και «Ally McBeal»).

Λίγους μήνες πριν γνωρίσει το σύζυγό της, η Φάιφερ υιοθέτησε μια κόρη, την Κλαούντια Ροζ, την οποία υιοθέτησε επίσης ο Κέλεϋ μετά το γάμο. Το μωρό ήταν κόρη μιας αφροαμερικανίδας νοσοκόμας που είχε ήδη τέσσερα παιδιά. Στις 5 Αυγούστου 1994 η Φάιφερ έφερε στον κόσμο ένα γιο, τον Τζον Χένρυ. Τόσο εκείνη όσο και ο σύζυγός της είναι ρωμαιοκαθολικοί στο θρήσκευμα.