Μετά την απόρριψη ενός σεναρίου του (Deadhead Miles) από την Paramount, ο Μάλικ αποφάσισε να σκηνοθετήσει ο ίδιος τα σενάριά του. Η πρώτη του ταινία ήταν η Badlands (1973), μία ανεξάρτητη παραγωγή με πρωταγωνιστές τους Μάρτιν Σην και Σίσυ Σπέισεκ ως ένα νεαρό ζευγάρι κυνηγημένων κατά τη δεκαετία του 1950. Μετά από μία επεισοδιακή παραγωγή, η ταινία πραγματοποίησε την πρεμιέρα της με μεγάλη επιτυχία στο Κινηματογραφικό Φεστιβάλ της Νέας Υόρκης, πράγμα που οδήγησε την εταιρεία Warner Bros. στο να αγοράσει τα δικαιώματα διανομής της για ποσό τριπλάσιο του κόστους παραγωγής της. Η δεύτερη ταινία του Μάλικ πάντως, Μέρες Ευτυχίας (Days of Heaven, 1978), ήταν από την Paramount και ιστορούσε την ανάπτυξη ενός ερωτικού τριγώνου στις αγροτικές επαρχίες του Τέξας στις αρχές του εικοστού αιώνα. Μετά την κινηματογράφηση, ο Μάλικ και οι συνεργάτες του πειραματίζονταν επί σχεδόν δύο χρόνια με αντισυμβατικές τεχνικές μοντάζ και προσθήκης εξωτερικής φωνής (voiceover). Η ταινία Μέρες Ευτυχίας κέρδισε τελικά το Όσκαρ Φωτογραφίας και το βραβείο σκηνοθεσίας στο Φεστιβάλ των Καννών.Μετά την προβολή της ταινίας Μέρες Ευτυχίας στις αίθουσες, ο Μάλικ άρχισε να αναπτύσσει ένα σχέδιο για την Paramount υπό τον τίτλο Q, το οποίο εξερευνούσε την προέλευση της ζωής πάνω στη Γη. Ωστόσο, κατά το στάδιο της προετοιμασίας της παραγωγής, έφυγε ξαφνικά για το Παρίσι και εξαφανίσθηκε από τη δημόσια θέα.
Στην περίοδο αυτή έγραψε μερικά σενάρια, όπως το The English Speaker, μια διασκευή του μυθιστορήματος του Γουόκερ Πέρσυ The Moviegoer και του The Desert Rose του Λάρρυ Μακμέρτυ, ένα σενάριο για τον Τζέρρυ Λη Λιούις και μία θεατρική διασκευή του Sansho the Bailiff που επρόκειτο να σκηνοθετηθεί από τον Αντρέι Βάιντα, ενώ συγχρόνως συνέχισε δουλειά πάνω στο σενάριο του Q.

Ο Μάλικ επέστρεψε τελικώς στη σκηνοθεσία μόλις το 1998, με το Η λεπτή κόκκινη γραμμή (The thin red line), μία χαλαρή διασκευή του ομώνυμου μυθιστορήματος του Τζέιμς Τζόουνς για τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, για την οποία συγκέντρωσε μια μεγάλη ομάδα γνωστών ηθοποιών. Το έργο απέσπασε υποψηφιότητες για επτά βραβεία Όσκαρ, κέρδισε τη Χρυσή Άρκτο στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου του Βερολίνου το 1999 και συνάντησε γενικά επαίνους από τους κριτικούς.

Όταν ο Στήβεν Σόντερμπεργκ έμαθε για τη δουλειά του Μάλικ πάνω σε ένα άρθρο για τον Τσε Γκεβάρα τη δεκαετία του 1960 προσέφερε στον Μάλικ την ευκαιρία να γράψει και να σκηνοθετήσει μια ταινία για τον επαναστάτη γιατρό, την οποία ο ίδιος σχεδίαζε μαζί με τον Μπενίσιο ντελ Τόρο.
Ο Μάλικ δέχτηκε και έγραψε ένα σενάριο που εστίασε πάνω στην αποτυχημένη επανάσταση του Τσε στη Βολιβία.
Μετά από ενάμισυ χρόνο τα χρήματα για την παραγωγή δεν είχαν συγκεντρωθεί κι έτσι ο Μάλικ βρήκε την ευκαιρία να σκηνοθετήσει την ταινία Άγνωστος Κόσμος (The New World), ένα σενάριο που είχε αρχίσει να δουλεύει κατά τη δεκαετία του 1970. Εγκατέλειψε την ταινία για τον Γκεβάρα τον Μάρτιο 2004, μια ταινία που τελικά σκηνοθέτησε ο Σόντερμπεργκ με τον τίτλο Τσε.

Ο 'Άγνωστος Κόσμος, μία ρομαντική εκδοχή της ιστορίας του Τζων Σμιθ και της Ποκαχόντας, έκανε πρεμιέρα το 2005.
Πάνω από 300.000 μέτρα φιλμ τραβήχτηκαν για το έργο αυτό, που κυκλοφόρησε σε τρεις διαφορετικές βερσιόν διαφορετικής διάρκειας. Το έργο απέσπασε υποψηφιότητα για το Όσκαρ Φωτογραφίας, αλλά δέχθηκε γενικώς ανάμικτες κριτικές κατά την προβολή του στις αίθουσες, παρότι από τότε έχει χαρακτηρισθεί μεταξύ άλλων και ως ένα από τα καλύτερα κινηματογραφικά έργα της δεκαετίας του.

Η πέμπτη ταινία μεγάλου μήκους του Μάλικ, Το δέντρο της ζωής (The Tree of Life), γυρίστηκε στο Σμίθβιλ του Τέξας και αλλού κατά τη διάρκεια του 2008. Είναι ένα οικογενειακό δράμα που εκτείνεται σε διαφορετικές χρονικές περιόδους εστιάζοντας στη συμφιλίωση της αγάπης, της συμπόνοιας και της ομορφιάς με την ύπαρξη της αρρώστιας και του θανάτου από έναν άνθρωπο. Πρωταγωνιστούν οι Μπραντ Πιτ και Σων Πεν. Η παγκόσμια πρεμιέρα της ταινίας έγινε στο Φεστιβάλ των Καννών του 2011, όπου βραβεύθηκε με το ανώτατο βραβείο, τον Χρυσό Φοίνικα, μερικές ημέρες πριν προβηθεί στις Η.Π.Α..

Ο Μάλικ πρόσφατα τελείωσε το γύρισμα της έκτης του ταινίας στο Μπάρτλσβιλ (Bartlesville) και στο Pawhuska της Οκλαχόμα. Οι λεπτομέρειες σχετικά με αυτό το έργο κρατούνται αυστηρά μυστικές και ελάχιστα στοιχεία έχουν γίνει γνωστά, όπως ότι παίζουν οι ηθοποιοί Μπεν Άφλεκ, Ρέιτσελ ΜακΆνταμς, Όλγα Κουριλένκο, Ρέιτσελ Βάις και Χαβιέ Μπαρδέμ.

Ο Τέρενς Μάλικ κρατά την προσωπική ζωή του μακριά από τη δημοσιότητα και πραγματοποιεί ελάχιστες δημόσιες εμφανίσεις. Π.χ. ο Χρυσός Φοίνικας στις Κάννες για Το δέντρο της ζωής παραδόθηκε στους εκ των παραγωγών της ταινίας Μπιλ Πόλαντ και Σάρα Γκρην, που τον αντιπροσώπευσαν, καθώς ο Μάλικ δεν εμφανίσθηκε, παρότι βρισκόταν στις Κάννες.
Ανάμεσα στους όρους των συμβολαίων του είναι ότι η εικόνα του δεν θα χρησιμοποιηθεί για την προώθηση της ταινίας, ενώ συχνά απορρίπτει αιτήματα δημοσιογράφων για συνέντευξη.

Μετά από ένα πιθανό πρώτο γάμο με τη Τζιλ Τζέικς (Jill Jakes), ο Μάλικ νυμφεύθηκε τη Μισέλ Μορέτ (Michele Morette) το 1985. Χώρισαν το 1998 και δέκα χρόνια αργότερα (Ιούλιος 2008) η Μορέτ πέθανε από καρκίνο στο Παρίσι.
Το 1998 ο Μάλικ νυμφεύθηκε την Αλεξάνδρα Γουάλας (Alexandra "Ecky" Wallace), με την οποία ζει μέχρι σήμερα (2011) στο Όστιν του Τέξας.