Πού είχαμε μείνει στο τέλος της πρώτης ταινίας; Στη σύλληψη του Σενσέι Σρέντερ, ο οποίος, στην έναρξη αυτής της ταινίας, πραγματοποιεί μια ασύλληπτη απόδραση κατά τη μεταφορά του σε νέα φυλακή υψίστης ασφαλείας. Μια πύλη ανοίγει και ο διαβόητος κακοποιός μεταφέρεται σε άλλη διάσταση και σύντομα επιστρέφει με το πιο δαιμόνιο σχέδιο κατάκτησης της πόλης. Συνεργάτης του, ο Κρανγκ, ένα εξωγήινο, υπερφιλόξοδο πλάσμα που δε διστάζει μπροστά σε τίποτα προκειμένου να περάσει στη διάστασή μας και τσιράκια του, δύο μικροαπατεώνες που γρήγορα μεταμορφώνονται σε μεταλλαγμένα ζώα, στην υπηρεσία του Σρέντερ. Τα Χελωνονιντζάκια με τις ιδιαίτερες προσωπικότητες θα συνεργαστούν για μια ακόμη φορά με τη σέξι δημοσιογράφο Έιπριλ, τον διάσημο πια, εικονολήπτη Βερν Φένγουικ και έναν απρόσμενο νέο φίλο, τον Κέισι Τζόουνς, τον τιμωρό με τη μάσκα του χόκεϊ, προκειμένου να σώσουν την πόλη και να αποκαταστήσουν τη δικαιοσύνη. Στο τέλος της ημέρας, θα αποσυρθούν και πάλι στους υγρούς και σκοτεινούς υπονόμους, μέχρι ο πολύπαθος λαός να χρειαστεί και πάλι την βοήθειά τους γιατί πού αλλού θα βρουν τόση διασκέδαση;